Mancekou

该部分内容为一些网页收藏。

Chemdraw默认的风格确实有点丑，不那么好看，所以总想探讨一下。如何才能画出和文献里的相像的分子式一直是我思考的问题，浏览文献可以发现，大家的画法各式各样，但整体美观。这篇博文的内容主要描述自己使用的一些参数设置，以得到还算看得过眼的化学分子式。

用朋友圈的九宫格总结这次暑假，总觉的缺点意思，也不知道那九张照片可以代表这丰富的两周行程，随写这篇流水帐，将我所见所闻陈述一遍。

最近我那台在2016年买的惠普笔记本电脑在各种科研任务的加持下，终于卡的让我不能忍受。奈何在我钱包的不支持下，选择了格式化电脑并重装系统的道路。其中就伴随这各种文件的备份，其中，我的博客本地内容迁移就成了一件头疼的事。以前，虽然也重装过这台电脑，也重新备份过该博客的本地内容，但并没有留下相关的方法笔记，网上资料确实不少，但有些确实写的繁琐，随写本内容，为给自己留一个操作流程的备忘录，当然也希望这部分内容可以帮助有遇到同样问题的人。

UCSF ChimeraX（或简称ChimeraX）是继UCSF Chimer之后，生物计算、可视化和信息学资源（RBVI）的下一代分子可视化程序（这句话是从官网上抄的）。ChimeraX作为一款功能强大的生化分析和可视化软件，对于我这样一个学化学的，是不太会那些高端操作的，也没那能力，但最近觉得ChimeraX做的图质感很好，随产生了用该软件画反应机理计算中的分子结构图的想法。但我是小白呀，从没接触过该软件，对于分子的调整完全不了解。本着边学边做笔记的想法，随产生了写这篇博文的想法。

书接上回《常见NMR氢谱溶剂峰》的整理，现特整理一下碳谱的氘代溶剂峰及溶剂峰的表。

最近看了Tim（B站UP主）的一些视频后，产生了写一些内容的想法，以实现以写促学的目的。现阶段，我在计算方面的学习止步不前，还停留在吃老本的阶段（虽然没有什么老本可吃），但又想再学习一些新东西的想法，因此，开始想写一些计算的知识点整理（仅为DFT计算），一是帮助有可能看到这篇博文的读者，二是巩固自己的对这些内容的掌握。所写内容可能不成体系，没有前后逻辑关系，所以选择自己想看的部分吧。这部分主要写结构优化的部分，涉及分子结构的构建、任务的提交和结果的查看。

对于做有机合成的人，相信经常需要通过核磁去标准合成化合物的正确与否，而对于氢谱而言，经常在谱图中存在各种溶剂峰，而在分析谱图的时候，去查阅各种溶剂的溶剂峰就显得脑壳疼（要不去查阅实验室保存的纸质版溶剂峰表，要不去网上Baidu或者Google结果），这无疑增加了工作量。因此，出于提高谱图分析效率的目的整理了该部分内容。

由于本科时，在任老师的指导下，了解并学习了关于理论计算在单分子配合物分子中的应用，因此小入了一点门。到了研究生阶段，也就想着尝试将理论计算结合到自己的工作中，我的研究课题是基于钌配合物的探针和光敏剂设计，因此主要做的工作是基于金属配合物发光的理论研究。但是，我们课题组有不少的同学的研究方向为基于过渡和稀土金属的分子笼或MOFs的催化性能研究和识别性能研究，有时也需要相应的理论计算支持。而关于这个方向的计算与我自己的研究方向是有所不同的，因此想着写一篇简单的博文，整理一些自己认为重要的点方便自己回顾，同时期望帮助组内的同学可以快速的上手操作并获取自己想要的数据。

最近在老板的”逼迫“下，终于看完了一篇关于线粒体自噬及荧光探针设计的综述，也是得此机会，有时间仔细的学习了关于探针发光机理的内容。为什么不叫总结而叫整理，其原因有二，一是自己能力不足，还达不到总结他人成果的地步，二是这些内容在文献和网络上一查便有，只是有的文献和网络帖子总结不全或重点不在所有发光机理，故有了整理本文内容的想法。如有整理不恰当的地方，望批评指正（主页有我的email）。