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用朋友圈的九宫格总结这次暑假,总觉的缺点意思,也不知道那九张照片可以代表这丰富的两周行程,随写这篇流水帐,将我所见所闻陈述一遍。

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最近我那台在2016年买的惠普笔记本电脑在各种科研任务的加持下,终于卡的让我不能忍受。奈何在我钱包的不支持下,选择了格式化电脑并重装系统的道路。其中就伴随这各种文件的备份,其中,我的博客本地内容迁移就成了一件头疼的事。以前,虽然也重装过这台电脑,也重新备份过该博客的本地内容,但并没有留下相关的方法笔记,网上资料确实不少,但有些确实写的繁琐,随写本内容,为给自己留一个操作流程的备忘录,当然也希望这部分内容可以帮助有遇到同样问题的人。

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UCSF ChimeraX(或简称ChimeraX)是继UCSF Chimer之后,生物计算、可视化和信息学资源(RBVI)的下一代分子可视化程序(这句话是从官网上抄的)。ChimeraX作为一款功能强大的生化分析和可视化软件,对于我这样一个学化学的,是不太会那些高端操作的,也没那能力,但最近觉得ChimeraX做的图质感很好,随产生了用该软件画反应机理计算中的分子结构图的想法。但我是小白呀,从没接触过该软件,对于分子的调整完全不了解。本着边学边做笔记的想法,随产生了写这篇博文的想法。

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最近看了Tim(B站UP主)的一些视频后,产生了写一些内容的想法,以实现以写促学的目的。现阶段,我在计算方面的学习止步不前,还停留在吃老本的阶段(虽然没有什么老本可吃),但又想再学习一些新东西的想法,因此,开始想写一些计算的知识点整理(仅为DFT计算),一是帮助有可能看到这篇博文的读者,二是巩固自己的对这些内容的掌握。所写内容可能不成体系,没有前后逻辑关系,所以选择自己想看的部分吧。这部分主要写结构优化的部分,涉及分子结构的构建、任务的提交和结果的查看。

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