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最近看了Tim(B站UP主)的一些视频后,产生了写一些内容的想法,以实现以写促学的目的。现阶段,我在计算方面的学习止步不前,还停留在吃老本的阶段(虽然没有什么老本可吃),但又想再学习一些新东西的想法,因此,开始想写一些计算的知识点整理(仅为DFT计算),一是帮助有可能看到这篇博文的读者,二是巩固自己的对这些内容的掌握。所写内容可能不成体系,没有前后逻辑关系,所以选择自己想看的部分吧。这部分主要写结构优化的部分,涉及分子结构的构建、任务的提交和结果的查看。

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对于做有机合成的人,相信经常需要通过核磁去标准合成化合物的正确与否,而对于氢谱而言,经常在谱图中存在各种溶剂峰,而在分析谱图的时候,去查阅各种溶剂的溶剂峰就显得脑壳疼(要不去查阅实验室保存的纸质版溶剂峰表,要不去网上Baidu或者Google结果),这无疑增加了工作量。因此,出于提高谱图分析效率的目的整理了该部分内容。

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由于本科时,在任老师的指导下,了解并学习了关于理论计算在单分子配合物分子中的应用,因此小入了一点门。到了研究生阶段,也就想着尝试将理论计算结合到自己的工作中,我的研究课题是基于钌配合物的探针和光敏剂设计,因此主要做的工作是基于金属配合物发光的理论研究。但是,我们课题组有不少的同学的研究方向为基于过渡和稀土金属的分子笼或MOFs的催化性能研究和识别性能研究,有时也需要相应的理论计算支持。而关于这个方向的计算与我自己的研究方向是有所不同的,因此想着写一篇简单的博文,整理一些自己认为重要的点方便自己回顾,同时期望帮助组内的同学可以快速的上手操作并获取自己想要的数据。

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最近在老板的”逼迫“下,终于看完了一篇关于线粒体自噬及荧光探针设计的综述,也是得此机会,有时间仔细的学习了关于探针发光机理的内容。为什么不叫总结而叫整理,其原因有二,一是自己能力不足,还达不到总结他人成果的地步,二是这些内容在文献和网络上一查便有,只是有的文献和网络帖子总结不全或重点不在所有发光机理,故有了整理本文内容的想法。如有整理不恰当的地方,望批评指正(主页有我的email)。

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由于课题组需求,总是需要帮组内同门完成一些理论计算的工作,但在自己计算完相关工作后,自己可能没有时间来得及帮忙处理数据,特写此问,以帮助组内成员快速处理gaussian输出文件,并拿到自己想要的数据。本博文的内容包括分子能级的获取、分子轨道的成分分析、紫外光谱和发射光谱数据的处理。

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